可以抵扣。
取得农产品销售的，以农产品销售上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额。开具农产品收购的，以农产品收购上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额。
现将农民专业合作社有关税收通知如下：
一、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征。
二、一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣进项税额。
三、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征。
四、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
法律依据
《中华人民共和国暂行条例》第纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
(一)从销售方取得的专用上注明的额。
(二)从海关取得的海关进口专用缴款书上注明的额。
(三)购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，另有规定的除外。进项税额计算公式：进项税额＝买价×扣除率
(四)自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的额。准予抵扣的项目和扣除率的调整，由决定。
